Xã Đông Kết hình thành trên cơ sở hợp thành từ các làng nhỏ ven đê tả ngạn sông Hồng gồm Triền Khiết, Triền Thủy, Triền Chu. Thời Gia Long, xã Đông Kết thuộc tổng Đông An, phủ Khoái Châu, trấn Sơn Nam Thượng. Năm Minh Mạng thứ 12 (1831), Đông An được nâng lên thành huyện. Xã Đông Kết bấy giờ thuộc tổng Bái, huyện Đông An, cùng với các làng (xã) Kênh Khê, Triền Thủy, Triền Chu, Mạn Xuyên, Cẩm Khê, Phú Mĩ.

Sau Cách mạng tháng 8, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cho tách một số làng xã của tổng Bái, trong đó có xã Đông Kết cũ, thành lập xã Đông Kinh. Năm 1974, xã Đông Kinh được đổi tên trở lại thành xã Đông Kết.